Messi y en general los referentes del plantel de Barcelona tenían una muy buena relación con el técnico Ernesto Valverde y sus colaboradores. Los resultados comenzaron a ir mal y la dirigencia culé perdió la paciencia. Aunque los futbolistas enviaron mensajes claros de apoyo al entrenador, finalmente Valverde fue destituido y en su lugar llegó Quique Setién. No le sentó nada bien al capitán.

Que la MSN volviera a reunirse en Barcelona era un sueño de Messi, Luis Suárez y Neymar. Sin embargo, ello no ocurrió. El brasileño, en Paris Saint-Germain, abrió todas las puertas para salir del club francés y regresar con sus "hermanos" como llama a "Lio" y "Lucho" a Barcelona. Sin embargo, el club decidió pagar 120 millones por Antoine Griezmann, lo cual no cayó nada bien a Messi. El brasileño, a su vez, dijo estar dispuesto a hacer todo tipo de esfuerzo para volver en el actual período de pases, pero la institución catalana no está dispuesta a pagar la cláusula de rescisión de 170 millones por "Ney". Otra desilusión para Messi, aunque en este punto todavía la dirigencia le puede cumplir el deseo.

Cuando explotó la pandemia mundial de coronavirus y el fútbol se paralizó, Barcelona comenzó a negociar con sus futbolistas rebajas salariales ya que no habría ingresos. Las charlas se dilataron y desde el club —a través de filtraciones a los medios— se culpó a la intransigencia de los futbolistas de que no hubiera acuerdo. Se decía, entre otras cosas, que había más de una posición dentro del vestuario: los que aceptaban la propuesta del club, los que no aceptaban ningún tipo de rebaja y los que iban por un camino del medio. A Messi se lo ponía en el grupo que no quería perder salario. Finalmente hubo un acuerdo y el futbolista publicó en sus redes sociales una carta en la que aseguraba que la voluntad del plantel "siempre ha sido aceptar una bajada del sueldo que percibimos". Y añadió: "No deja de sorprendernos que desde dentro del club hubiera quien tratara de ponernos bajo la lupa e intentara sumarnos presión para hacer algo que nosotros siempre tuvimos claro que haríamos". A los futbolistas se le bajó un 70% el salario hasta que volvió la competición.

No hay buena onda entre Messi y el cuerpo técnico que encabeza Quique Setién. El futbolista no está conforme con los planteamientos, algo que parece ser compartido por el resto del plantel de acuerdo a las declaraciones de Luis Suárez luego del 2-2 en campo del Celta. La cosa principalmente parece ser con el primer asistente del entrenador, Eder Sarabia, con quien algún jugador ya había tenido un cruce en el pasado y que Messi desnudó precisamente en el partido de Vigo al ignorar olímpicamente (y dos veces) al entrenador cuando éste se le acercó a darle indicaciones.